Действие происходит спустя год путешествий. Раскрылось уже пять Лиг - Канто,Джотто,Хоенн,Синно,Анова. Мир все шире и шире раскрывается перед людьми и покемонами, дразня новыми видами.
И кажется, что все преступные синдикаты замерли, смолкли. Команда Р прекратила действие - сломленная несколько раз, она окончательно ослабла и собралась было распасться, однако внезапная катастрофа, едва не разрушившая Гим Виридиан Сити, не дала им этого сделать. В крыше здания обнаружился метеорит, сила которого позволяла мутировать покемонов, создавая подобия тех, что делал Мьюту - усиленных монстров, которые становились невероятно опасными для всех. Воспользовавшись этим, команда Р быстро набрала свою силу и начала вновь набирать сторонников. Ее люди желали мести за все, что происходило.
А новый босс, которого никто так и не смог увидеть из-за широкого плаща, проводил эксперименты над покемонами, улучшая их геном при помощи камня. Однако вот им поступила весть - такие камни упали в каждой лиге. И команда Р, желающая захватить контроль над миром, как ранее, принялась собираться в путь, по дороге продолжая собирать преступления.
Команда Магма неожиданно стала их союзниками - их весьма интересовал метеорит и его свойства. В то время как Аква выступила на стороне добра, временно договорившись с законом. Плазма же предпочла сохранить нейтралитет - ее не интересовала преступность, однако паника, вызванная появлением Р во всех лигах, была ей на руку